Antonio de Mendoza virrey de la Nueva España colocó la primera piedra el 28 de agosto de 1541, los trabajos se iniciaron con limosnas de particulares. Por su parte los agustinos contaron con la asignación en encomienda de los tributos y mano de obra del poblado de Texcoco. En 1676 el convento sufrió un incendio que lo consumió en su totalidad, después de tan desagradable acontecimiento los agustinos iniciaron su reconstrucción que culminó en 1680. En el siglo XIX, la iglesia y el atrio fueron comprados por un particular. Al triunfo de la República el inmueble fue expropiado y transformado en biblioteca. En 1949 la Secretaría de Bienes Nacionales e Inspección hizo solemne entrega a la UNAM que a su vez cambio la sede de la Biblioteca a Ciudad Universitaria.