Es establecido en el siglo XVI por la Compañía de Jesús , en un principio funcionó como seminario subordinado al colegio Máximo de San Pedro y San Pablo, sin embargo su calidad educativa lo llevó a ser considerado uno de los centros educativos jesuitas más famosos de la América Española. El edificio fue construido entre 1712 y 1749 y ha sufrido importantes modificaciones de acuerdo a las sedes que ha albergado, entre ellas la Escuela de Derecho, Medicina, Veterinaria y Agricultura, hasta que en 1867 se convirtió en la Escuela Nacional Preparatoria, en este momento se construye el Anfiteatro Simón Bolívar.